58 dos 84 artigos das leis que constituem o novo Código Florestal têm sua validade questionada no STF, Supremo Tribunal Federal, através das chamadas Ações Diretas de Inconstitucionalidade. Os principais questionamentos se concentram na flexibilização das Reservas Legais, ou seja, de pequenas  propriedades que podem ser compostas apenas pela vegetação remanescente. Em vez de obrigar os desmatadores a recuperar as terras degradadas, o Código Florestal, aprovado em 2012, propõe a recuperação apenas com vegetação remanescente. 

Outro ponto polêmico da legislação é que o que trata da recuperação de Áreas de  reservação Permanente (APP), em imóveis consolidados. De acordo com o Código Florestal, as faixas de recomposição para APPs hídricas, por exemplo, variam de acordo com o tamanho da propriedade. Para muitos especialistas, esse critério de tamanho desconsidera a importância ambiental do local. Na avaliação do diretor de Políticas Públicas da SOS Mata Atlântica, Mario Mantovani, era evidente a necessidade de uma alteração no Código Florestal, no entanto, as modificações, da forma como foram feitas, trazem mais prejuízos do que benefícios para o meio ambiente. Mantovani destaca os impactos das mudanças no Código Florestal sobre os rios e mata ciliar. 

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